Вывод наших войск из Афганистана начался 15 мая 1988 г., в соответствии с заключенными 14 апреля 1988 г. Женевскими соглашениями о политическом урегулировании положения вокруг ДРА. Гарантировалось прекращение вооруженного или иного вмешательства в дела Афганистана извне. СССР взял на себя обязательства вывести войска из Афганистана в девятимесячный срок, начиная с 15 мая 1988 г., то есть до 15 февраля следующего года. Лидеры вооруженной оппозиции заявили, что подписанный в Женеве договор их не касается, и они продолжат вооруженную борьбу.
10 мая 1988 г. в партийные организации КПСС было направлено закрытое письмо ЦК КПСС, где объяснялась необходимость вывода советских войск из Афганистана и решения афганской проблемы политическим путем. В дальнейшем СССР и Афганистан практически в одностороннем порядке выполняли Женевские соглашения. Советские войска в Афганистане начали готовиться уйти из этой страны.
Советское руководство, понимая, что выводом своих войск из Афганистана фактически обрекает режим президента Афганистана Наджибуллы на гибель, пыталось в эти последние месяцы улучшить его экономические и военно-политические позиции. Усиливается экономическая помощь, поставки оружия, военной техники и оборудования. Ограниченный контингент советских войск активизирует борьбу с отрядами оппозиции. В августе 1988 г. успешно подавлен мятеж в Кундузе, однако вооруженная оппозиция продолжает захватывать все новые территории, важные стратегические объекты.
По официальным сообщениям, в первые три месяца Афганистан покинули 50 183 советских военнослужащих. Еще 50 100 человек вернулись в СССР в период с 15 августа 1988 г. по 15 февраля 1989 г.
В конце 1988 – начале 1989 гг. М. Наджибулла забрасывает советское руководство посланиями с отчаянными просьбами задержать вывод советских войск или хотя бы оставить добровольцев для охраны стратегической трассы Кабул-Хайратон, по которой в Афганистан поступала советская помощь. По этому поводу в советском руководстве развертывается полемика. В частности, министр иностранных дел Э.А. Шеварнадзе поддерживает просьбы афганского лидера. Однако большинство – за полный вывод войск. Принимается компромиссное решение: оказать последнюю военную помощь Афганистану, разблокировав перевал Саланг, захваченный отрядами Ахмад-шаха Масуда.
23 января 1989 г. советские войска начинают свою последнюю операцию в афганской кампании – захват перевала Саланг. За двое суток боевых действий убито свыше 600 моджахедов и трое советских солдат. Южный Саланг очищен от формирований Ахмад-шаха Масуда и передан правительственным войскам Республики Афганистан.
15 февраля 1989 г. в полном соответствии с Женевскими соглашениями последние советские части покинули Афганистан.
Завершилась последняя война Советского Союза.
Всего, по данным Минобороны РФ, в период с 25 декабря 1979 года по 15 февраля 1989 года на территории Афганистана прошли военную службу 620 тыс. советских военнослужащих. Из них 525,2 тыс. (в т. ч. 62,9 тыс. офицеров) служили в составе 40-й армии, 90 тыс. - в пограничных и др. подразделениях КГБ СССР, 5 тыс. представляли Министерство внутренних дел (МВД) СССР. Кроме того, на должностях гражданского персонала в войсках находились около 21 тыс. человек.