Осенью 1991 года в Таджикистане разразился глубокий социально-экономический кризис. В республике началась борьба за власть между различными кланами и политическими группировками. Всю весну 1992 года Душанбе сотрясали митинги и демонстрации, в которых принимали участие десятки тысяч человек.

Для подавления беспорядков власти начали формировать подразделения Национальной гвардии. Оппозиция в ответ сформировала отряды ополчения – всего более 20 тыс. человек. Начиналось противостояние, готовое перейти в вооруженное столкновение.

В этот период в республике резко активизировались националисты, разжигались экстремистские настроения, нападкам подвергались военнослужащие дислоцированных в Таджикистане воинских частей и русскоязычные граждане. Бывали случаи, когда экстремисты захватывали в качестве заложников офицеров для последующего их обмена на оружие. Дело доходило и до прямых нападений на воинские части с целью завладения боевой техникой и вооружением.

Постепенно конфликт между правительством и оппозицией перерос в широкомасштабную гражданскую войну. События в Таджикистане превратились в реальную угрозу для стабильности всего среднеазиатского региона. Ситуацией тут же воспользовались афганские боевики. Только летом 1992 года сотни вооруженных моджахедов предпринимали попытки проникновения в Таджикистан. Пограничникам все чаще приходилось вести бои с вооруженными группами нарушителей. Серьезную тревогу вызывали рост контрабанды наркотиков, значительная часть которых переправлялась в Россию и другие страны СНГ.

Основной очаг боевых действий противоборствующих группировок находился на территории Курган-Тюбинской области. В конфликте участвовали главным образом выходцы из Куляба против уроженцев Гармы, поэтому часто события 1992 года называют Кулябским кризисом. Впрочем, вооруженные столкновения происходили и в других районах республики. Ситуация усугублялась тем, что на свободу из тюрем было выпущено несколько тысяч уголовников. В районе Нурекской ГЭС бандиты взорвали два моста, а персонал ГЭС насильно удерживался боевиками в качестве заложников. Продолжались нападения на воинские части с целью захвата оружия и боевой техники. Имели место случаи применения бронетехники против мирных жителей.

В соответствии с договором между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан от 25 мая 1993 года и Соглашением Совета глав государств СНГ о коллективных силах по поддержанию мира и совместных мерах по их материально-техническому обеспечению от 24 сентября 1993 года в Таджикистане были созданы специальные коалиционные миротворческие силы СНГ. В состав миротворческого контингента вошли 201-я мотострелковая дивизия Вооруженных Сил России и подразделения армий Казахстана, Киргизии и Узбекистана.

Гражданская война в Таджикистане затянулась на несколько лет. Относительное спокойствие было достигнуто только к 1997 году. Жертвами конфликта стали тысячи человек. Десятки тысяч жителей республики лишились крова.

За время гражданской войны в Таджикистане и в ходе выполнения миротворческих задач Российская армия, Пограничные войска и другие силовые структуры потеряли убитыми, умершими и пропавшими без вести 302 человека.